Gli organi di democrazia e funzionamento interno alla Femca sono fondati sulla trasparenza e sulla partecipazione nei processi decisionali, secondo criteri di proporzionalità rappresentativa (numero degli associati nei territori, nelle regioni e nei comparti), accanto a elementi di garanzia verso le realtà minori.
Il principale organismo è il Congresso, che si tiene ogni quattro anni e che elegge, secondo la logica di rappresentanza, il Consiglio Generale Nazionale, che a sua volta elegge la Segreteria Nazionale e il Comitato Esecutivo Nazionale.
Il Congresso elegge altresì gli organi di controllo interno quali il Collegio dei Sindaci e il Collegio dei Probiviri.
Segreteria nazionale
Rappresenta la Federazione e ne assicura il regolare funzionamento, dando attuazione alle decisioni degli organi.
Comitato esecutivo
Attua gli indirizzi definiti dal Consiglio generale nazionale, delibera sulle proposte della Segreteria e approva il bilancio della Federazione nazionale.
Consiglio generale
Organo deliberante che definisce gli indirizzi dell’attività politico-sindacale e organizzativa della Federazione.
Collegio dei Sindaci Revisori
Provvede in piena autonomia e indipendenza al controllo amministrativo.
Collegio dei Probiviri
Organo di garanzia statutaria e di giurisdizione interna, dirime le controversie, i conflitti tra i soci e gli organismi ai vari livelli e decide sui ricorsi contro presunte violazioni dello Statuto e del Regolamento di Attuazione e sulle vertenze elettorali.